1,2-dimetil-„csirkeháló”

1,2-dimetil-chickenwire
1,2-dimetil-chickenwire (Wikimedia Commons, SVG)

Az 1,2-dimethyl-chickenwire molekula első nevezetes előfordulása
Az 1,2-dimethyl-chickenwire molekula első nevezetes előfordulása (Nick D. Kim: Molekulák, amelyektől jobb, ha óvakodsz…)

Az e heti Wikipédia-illusztráció az 1,2-dimetil-„csirkeháló” molekula szerkezetét ábrázolja. A jellegzetes megjelenésű molekulával a Wikipédia több helyen is foglalkozik (itt és itt).
A kétdimenziós szerkezeti ábrát megrajzoló LibreLogo program egyszerűsített változata (futtatása előtt vagy növeljük a lapméretet, vagy helyezzük a teknőcöt a lap jobb szélére):

EZ hatszög
ISMÉTLÉS 6 [ ELŐRE 25 JOBBRA 360/6 ]
VÉGE
 
EZ hatszögek n
ISMÉTLÉS n [
    hatszög TOLLATFEL ELŐRE 75 TOLLATLE
]
VÉGE
 
KÉP „csirkeháló.svg” [
    BETŰMÉRET 20 TOLLVASTAGSÁG 2
    ELREJT TOLLSAROK „HEGYES”
    hatszögek 2
    ISMÉTLÉS 10 [
        JOBBRA 120 TOLLATFEL ELŐRE 25
        JOBBRA 60 TOLLATLE
        hatszögek 3
        JOBBRA 120 TOLLATFEL ELŐRE 2*25
        BALRA 60 ELŐRE 25 JOBBRA 120 TOLLATLE
        hatszögek 4
        TOLLATFEL HÁTRA 25*3
    ]
    TOLLATFEL ELŐRE 25 BALRA 60
    TOLLATLE ELŐRE 15
    JOBBRA 60 CÍMKE [-1,1, 0,4, „H₃C”]
    TOLLATFEL BALRA 60 HÁTRA 15 JOBBRA 120 
    ELŐRE 25 BALRA 60
    TOLLATLE ELŐRE 15 CÍMKE [0,6, 0,9, „CH₃”]
    TOLLATFEL HÁTRA 15+25+25 BALRA 180 TOLLATLE
    hatszögek 3
    JOBBRA 120 TOLLATFEL ELŐRE 3*25 JOBBRA 60
    ELŐRE 2*25 TOLLATLE
    hatszögek 2
    ZÁR 
]

A molekula 3D-s modellje
A molekula 3D-s modellje (a kép nagyítása)
(Azok kedvéért, akiknek felkeltette a figyelmét a kétdimenziós molekulaábrázolás, és eggyel továbblépnének, rövid útmutató a mellékelt képen is látható térbeli modell elkészítéséhez:
Pubchem Sketcher molekulaszerkesztő
PubChem Sketcher webes molekulaszerkesztő (a kép nagyítása)

  1. A molekula SMILES leírását (l. a Wikipédia oldalon, vagy alább) másoljuk a PubChem Sketcher webes molekulaszerkesztőbe.

    CC1C2CC3C4C5C(C(C6C4C7C8C9C6C%10C%11C%12C%13C%14C%10C%15C9C%16C%17C8C%18CC7C3)C%11C%19C%20C%21C(C%22C%23C%24C%21C%25C%19C%12C%26C%27C%13C%28C(C%29C%30%31)C%14C(C%30C%32C%33%34)C%15C%33C%16C(C(C%35C%36C%37)C%17C%37C%18)C(C%38C%35C%39C%40C%41C%42C%43C%44C%45C%46C%47C%48C%49C%50C%51CC(C%52)C%49C(C(C%52C%53)C(C%54C%53CC%55)C%56C(C(C%54C%55C%57)C(C%57CC%58)C%59C%58C%60CCC%61CC%62CC%63)C%64C%59C%65C%60C%61C%66C%62C%67C%63C%68)C%47C%56C%45C%64C%43C%65C%66C%42C%67C%40C%68CC%39C%36)C%34C(C%44C%38%41)C%46C%32C%48C%31C%50C(C%69C%51)C%29C(C%70C%69)C%28C(C%71C%70)C%27C(C%72C%71)C%73C%26C%25C(C%74C%73C%75C%72)C%24C(CC%74CC%75)CC%23)C%76C(CC%22)CC%77C1C)C%20C%76C%77C52
    
  2. Exportáljuk az alapértelmezett SDF (MDL Molfile) formátumban.

  3. Nyissuk meg az elmentett állományt az Avogadro molekulamodellező programban (a program magyar honosítással is rendelkezik, illetve része az Ubuntu Linuxnak is), de ne kérjük a 3D-s pontok geometriájának meghatározását.

  4. Adjunk a molekulavázhoz hidrogéneket a Felépítés→Hidrogének hozzáadása menüponttal (ezt megtehetjük a PDChem Sketcherben is a Hydrogen→Add menüponttal, azzal a hidrogénatomok egyenletesebb eloszlása miatt közel sík térizomert kapunk).

  5. Majd párszor nyomjuk le a Ctrl-Alt-O-t (Kiterjesztések→Geometria optimalizáció), hogy a program a kötéseknek megfelelő helyzetbe mozgassa az atomokat.

  6. Végül exportálhatjuk a molekula képét PNG-ben, hogy be tudjuk illeszteni például a LibreOffice-ba.)

Vélemény, hozzászólás?

Az email címet nem tesszük közzé. A kötelező mezőket * karakterrel jelöljük.